Il tratto gastrointestinale (GI) è considerato l’organo più colonizzato, abitato da un vasto numero di microbi tra cui funghi, virus e soprattutto batteri. Oltre il 70% dei microrganismi risiede nel colon. La normale flora intestinale può fornire diversi effetti benefici all'ospite e, secondo alcuni autori, proprio una maggiore variabilità nella composizione